هایزنبرگ در جنگ جهانی دوم در آلمان ماند و محافظهکاری در

هایزنبرگ در جنگ جهانی دوم در آلمان ماند و محافظه‌کاری در پیش گرفت؛ با اینکه در پروژه ساخت بمب اتم هیتلر شرکت داشت، عضو حزب ناسیونال سوسیالیست‌های آلمان نشد. وی حتی به‌سبب نظراتش در فیزیک نظری («فیزیک آریایی») از سوی یوهان اشتارک، «یهودی سفید» نامیده‌ شد. البته هایزنبرگ از این اتهام، به‌دلایل خانوادگی[۵] از سوی هاینریش هیملر، فرمانده اس‌اس، تبرئه شد و به کارهای علمی‌اش در آلمان در دوره ناسیونالسوسیالیسم ادامه داد. بااین‌حال، دستگاه آلمان نازی از روی بی‌اعتمادی به او، کرسی معتبر آرنولد زومرفلد را، برخلاف توصیه خود زومرفلد، به او نداد. او که در ساخت راکتور و بمب هسته‌ای با نازی‌ها همکاری می‌کرد، سوم می ۱۹۴۵، سه روز پیش‌از تسلیم‌شدن آلمان، از سوی نیروهای آمریکایی بازداشت و برای بازجویی به انگلستان فرستاده شد و در کنار ۹ دانشمند دیگر، از سوی MI6 بازجویی شد و پس از ۸ ماه به آلمان نزد خانواده‌اش بازگشت.