در سال ۱۳۴۸ به خاطر صدور اعلامیه ای با امضای ایشان و حضرت

در سال ۱۳۴۸ به خاطر صدور اعلامیه ای با امضای ایشان و حضرت علامه طباطبایی و آِیت الله حاج سید ابوالفضل مجتهد زنجانی مبنی بر جمع اعانه برای کمک به آوارگان فلسطینی و اعلام آن طی یک سخنرانی در حسینیه ارشاد دستگیر شد و مدت کوتاهی در زندان تک سلولی به سربرد. از سال ۱۳۴۹ تا ۱۳۵۱ برنامه های تبلیغی مسجدالجواد را زیر نظر داشت و غالباً خود سخنران اصلی بود تا اینکه آن مسجد و به دنبال آن حسینیه ارشاد تعطیل گردید و بار دیگر استاد مطهری دستگیر و مدتی در بازداشت قرار گرفت. پس از آن استاد شهید سخنرانیهای خود را در مسجد جاوید و مسجد ارک و غیره ایراد می کرد. بعد از مدتی مسجد جاوید نیز تعطیل گردید. در حدود سال ۱۳۵۳ ممنوع المنبر گردید و این ممنوعیت تا پیروزی انقلاب اسلامی ادامه داشت. اما مهمترین خدمات استاد مطهری در طول حیات پر برکتش ارائه ایدئولوژی اصیل اسلامی از طریق درس و سخنرانی و تألیف کتاب است. این امر خصوصاً در سالهای ۱۳۵۱ تا ۱۳۵۷ به خاطر افزایش تبلیغات گروههای چپ و پدید آمدن گروههای مسلمان چپ زده و ظهور پدیده التقاط به اوج خود می رسد. گذشته از حضرت امام، استاد مطهری اولین شخصیتی است که به خطر سران سازمان موسوم به « مجاهدین خلق ایران » پی می برد و دیگران را از همکاری با این سازمان باز می دارد و حتی تغییر ایدئولوژی آنها را پیش بینی می نماید. در این سالها استاد شهید به توصیه حضرت امام مبنی بر تدریس در حوزه علمی قم هفته ای دو روز به قم عزیمت نموده و درسهای مهمی در آن حوزه القا می نماید و همزمان در تهران نیز درسهایی در منزل و غیره تدریس می کند. در سال ۱۳۵۵ به دنبال یک درگیری با یک استاد کمونیست دانشکده الهیات! زودتر از موعد مقرر بازنشسته می شود. همچنین در این سالها استاد شهید با همکاری تنی چند از شخصیتهای روحانی، «جامعه روحانیت مبارز تهران » را بنیان می گذارد بدان امید که روحانیت شهرستانها نیز به تدریج چنین سازمانی پیدا کند.