در اواخر حکومت سلطان محمد که فتوری در همه امور روی داده و

در اواخر حکومت سلطان محمد که فتوری در همه امور روی داده و هرج و مرج پيش آمده بود، امراء خراسان از جمله بوداغ خان چگني و اسماعيل قليخان چگني(بزرگان ایل چگنی- درخرم آباد) و گنجعلي خان زيک کوشيدند تا شاه عباس را که اين زمان بعنوان وليعهد در هرات استقرار داشت به جاي پدر به سلطنت برنشانند، و آنها در هدف خويش موفق شده در سال 989 فمری رسماً در خراسان سلطنت شاه عباس را اعلام داشته و سلطان محمد را از سلطنت ايران عزل کردند.
اين زمان عليقلي خان شاملو لَله شاه عباس و بيگلربيگي خراسان بود که در دارالسلطنه هرات اقامت داشت و تربيت شاه عباس بر عهده وي بود و مرشد قلي خان استاجلو حاکم مشهد بود.
مرشد قلي خان براي اينکه موقعيت خويش را در خراسان تقويت نمايد دختر بوداف خان چگني را که از امراي مهم خراسان بود به همسري خويش درآورد. و سپس يا عليقلي خان به مخالفت برخاست و در جنگي که بين طرفين روي داد علي قلي خان شکست خورد و شاه عباس به زير سلطه مرشد قلي خان در آمده به مشهد منتقل گرديد.
چندي بعد که مرشد قلي خان شاه عباس را برداشته از طريق يزد و کرمان متوجه نواحي مرکزي ايران گرديد که سلطنت شاه عباس را رسميت بخشد، برادرش ابراهيم خان سمت به معاونت وي برگماشت.
در سال 997 که شاه عباس دومين سال سالطنت خويش را آغاز کرد و از طريق فيروزکوه و دامغان عازم خراسان بود، چون از مرشد قلي خان استاجلو که اين زمان وزير اعظم و همه کاره او بود، بيمناک مي بود، در محل بسطام شبانه او را در رختخواب به قتل رسانيد و ستاره اقبال طايفه استاجلو رو به افول نهاد و امراي اين طايفه از جمله ابراهيم خان برادر مرشد قلي خان که حاکم مشهد بود از مناسب خويش معزول گشتند.
شاه عباس از طريق اسفراين راه مشهد را در پيش گرفت و در بيرون دروازه مشهد با استقبال بوداق خان چگني روبرو شد.
مولف عالم آراي عباسي مي گويد: شاه « بوداق خان چگني را منظور نظر شفقت گردانيده به منصب والالي لَله گي و اتابيگي [پسر خود] شاهزاده سلطان حسن ميرزا معزز و سربلند گردانيد و حکومت مشهد مقدس معلي نامزد او شد و الکاء خبوشان و محالي که سابقاً به او متعلق بود، به اولاد او حسنعلي سلطان و حسينعلي سلطان [چگني] و ساير برادران تقسيم يافت.»
شاه عباس در مشهد بسياري از امراي قزلباش از جمله شاملو و استاجلو را که با مرشد قلي خان رابطه نزديکي داشتند يا معزول کرد و يا مقتول نمود. اوغلان بوداق چگني هم که با مرشد قلي خان قرابت سببي و خويشاوندي داشت از اين عمل شاه عباس به وحشت افتاد و انديشيد که مبادا روزي اين شتر دم خانه او نيز زانو بر زمين نهد، از اين رو علاج واقعه را پيش از وقوع نموده با صوابديد پسرانش، سلطان حسن ميرزا پسر شاه عباس را برداشته از نشهد به خبوشان (قوچان) رفتند.
شاه عباس بعلل و مشکلاتي که با آن مواجه بود نتوانست به تعقيب بوداق خان بسوي قوچان لشکرکشي نمايد، لذا حکومت مشهد را به امت خان استاجلو [يکي از قاتلان مرشدقلي خان] تفويض نمود و خود با سپاه عازم هرات گرديد.
شاه عباس در هرات بود که خبر دست اندازي نيروهاي عثماني به نواحي نيروهاي عثماني به نواحي غربي کشور را استماع نمود، ناچار عازم آن ديار گرديده بوداق خان با استفاده از اين پيش آمد، رسماً سلطنت سلطان حسن ميرزا پسر شاه عباس را در قوچان اعلام داشت و روز بروز بر قدرت و نفوذ وي افزوده گشت و از اطراف و اکناف خراسان و ايران ناراضيان شاه عباس روي به قوچان آورده، آمادگي خويش از هدف بوداق خان را اعلام ميداشتند. بوداق خان قصد تسخير مشهد داشت که در اين هنگام واقعه ديگري روي داد و آن حمله عبدالمومن خان ازبک به خراسان بود که به محاصره چهار ماه مشهد و سرانجام قتل عام مردم مشهد گرديد که جانداري در آن شهر زنده نماند. بقول شاعر:
هوز اگر بفشارند خاک مشهد سفينه از شط خون تا به کربلا بدود

زنان و کودکان که به اسارت ازبکان درآمده بودند بين سپاهيان مغول تقسيم گشته به ماوراءالنهر فرستاده شدند. شاه عباس از ترس عبدالمومن خان در نزديکي تهران خود را به مريضي زد و به ياري مردم خراسان نيامد، فجايع و جناياتي که اين بار مغولان بر خراسان وارد ساختند، دست کمي از جنايات سپاهيان مغول عهد چنگيز نداشت. همگامي که ازبکان شهر مشهد را به مخاصره گرفتند، امت خان استاجلو حاکم مشهد پيکي به خبوشان فرستاد و از بوداق خان کمک خواست که از پشت سر از طريق رادکان سپاهيان ازبک را مورد حمله قرار دهد تا فشار اين قوم خونخوار بر شهر مشهد کاهش يابد و او بتواند از اين شهر مقدس دفاع کند. بوداق خان با ابومسلم چاوشلو و امامقلي خان قاجار و محمودخان صوفي اوغلي استاجلو و ديگر امراي حاضر در قوچان به خواسته امت خان پاسخ مثبت داده لشکر به خارج شهر فرستادند که حبر ناگوار ديگري دريافت داشتند و آن حمله نور محمد خان ازبک ا