جفرسون به همراه «جیمز مدیسن»، حزب «دموکرات- جمهوریخواه» ر

جفرسون به همراه «جیمز مدیسن»، حزب «دموکرات- جمهوریخواه» را پایه گذاری کرد که به مدت یک ربع قرن، اساس و پایه سیاستهای امریکا بود. وی همچنین فرماندار ویرجینیا (1779- 1781) در زمان جنگ، اولین دبیر دولت امریکا (1789- 1793) و دومین معاون رئیس جمهور ایالات متحده آمریکا (1797- 1801) بود. توماس به جدایی دین از سیاست باور داشت و نویسنده قانون آزادی ادیان ویرجینیا بود. در اوج درگیریهای حزبی در سال ۱۸۰۰، توماس جفرسون در یک نامه محرمانه نوشت :
«من در حضور خدا سوگند خورده ام که دشمن همیشگی هر گونه خودکامگی در اندیشه بشر باشم».