ورود مختار به کوفه مصادف با آمادگی توابین برای خروج از شه

ورود مختار به کوفه مصادف با آمادگی توابین برای خروج از شهر بود. طبعاً مختار نمی‌توانست در مقابل سران توابین قد علم کند؛ به همین دلیل صبر کرد تا عاقبت کار توابین مشخص شود. 
پس از خروج توابین از شهر، قاتلان امام حسین (ع) که از مختار هراس زیادی داشتند،حاکم زبیری کوفه را وادار کردند تا مختار را زندانی کند. مختار دوباره زندانی شد، اما پس از مدتی با شفاعت عبدالله بن عمر نزد ابن زبیر آزاد گردید. 
وی پنهانی مشغول آماده کردن قیام خود گشت و از بازماندگان توابین خواست تا آماده باشند. او آنان را به کتاب خدا، سنت رسول، انتقام خون اهل بیت، دفاع از ضعفاء و جهاد با کسانی که حرام اسلام را حلال کرده‌اند، دعوت می‌کرد. 
مختار شیعیان را در محل‌های خاصی گرد هم می‌آورد و خود را به عنوان نماینده محمد بن حنفیه مطرح می‌ساخت. 
گروهی از شیعیان نزد محمد بن حنیفه در مدینه رفتند و از او در این باره پرسیدند. محمد بن حنیفه از فرزندان امام علی (ع) و برادر ناتنی امام حسین (ع) نیز به صورت سر بسته و مبهم از مختار حمایت کرد، یعنی گفت: "من دوست دارم تا خدا به دست هر کسی که خود از بندگانش می‌خواهد، انتقام ما را بگیرد ". 
اما این سخنان به صورت حمایت رسمی محمد بن حنفیه از مختار در میان شیعیان منتشر و موجب شد تا شیعیان زیادی به وی بپیوندند.مختار در پی افراد نیرومند و پر نفوذی بود که بتواند پایگاه خود را مستحکم نماید. 
از جمله آنان ابراهیم بن اشتر، فرزند مالک‌اشتر بود که توانست او را به سوی خود جلب کند. بالاخره در شب چهاردهم ربیع الاول سال 66 شورشی آغاز شد. 
دسته‌های سپاهیان او در شهر می‌گشتند تا هر که می‌خواهد به آنان ملحق شود. در جریان تسخیر شهر کوفه توسط نیروهای مختار، درگیری‌های متعددی رخ داد. 
ممکن است گفته شود اجازه از محمد حنفیه دلیل بر رضایت ائمه از قیام او نمی‌شود، ولی با توجه به اینکه از طرفی، مختار می‌دانست هر گونه حکومت و سیاستی جز به فرمان معصوم صحیح نیست، و از سوی دیگر با توجه به شخصیت و تقوای محمد، او بدون اذن امام زمانش، اجازه چنین کاری را صادر نمی‌کند، و عدم اذن مستقیم از امام (ع) به خاطر رعایت شرایط تقیه بوده است. 
مختار برای گرفتن اجازه به سراغ محمد بن حنفیه می‌رود. در این دیدار محمد بن حنفیه او را به تقوا سفارش می‌کند و با رعایت شرایط تقیه، سخنانی می‌گوید که مختار از آن، اجازه برای قیام می‌فهمد و با توجه به شخصیت معنوی محمد بن حنفیه، می‌توان گفت اجازه او با اذن امام سجاد (ع) بوده است.

*کشتار 3 هزار نفر به دست مختار در خونخواهی حسین (ع):
سرانجام کوفه بدست مختار افتاد و "عبدالله بن مطیع " حاکم زبیری مخفیانه از شهر خارج شد. مختار با مردم شهر به عنوان امیر آنها بیعت کرد.اما اشراف کوفه که از مختار هراس داشتند دست به قیام زدند، که قیامشان سرکوب شد. پس از این جریان، مختار ماموریت اصلی خود یعنی کشتن قاتلان امام حسین (ع) را آغاز کرد. 
وی اعلام کرد: هر کس در خانه خویش را به روی خود ببندد، امنیت خواهد داشت، مگر کسی که در ریختن خون فرزندان پیامبر مشارکت داشته باشد. بسیاری از اشراف که در ماجرای کربلا دست داشتند، به سمت بصره فرار کردند.اما یاران مختار بسیاری از آنان را دستگیر کرده و نزد مختار می‌آوردند؛ او نیز دستور می‌داد که آنان را به قتل برسانند؛ حتی دست و پای بعضی را که جرمشان سنگین‌ بوده قطع کرده و به قتل می‌رساندند. تعداد تخمینی کسانی که به جرم شرکت در حادثه کربلا کشته شدند، حدود سه هزار نفر ذکر شده است. 
از جمله این افراد "شمر بن ذی الجوشن "، "حرمله " و "عمر بن سعد " را می‌توان نام برد. 
یاران مختار که عموماً از موالیان و ایرانیان مقیم عراق و شیعیان و دوستداران اهل بیت (ع) بودند، در اندک مدتى بر بخش‌هایى از عراق تسلط پیدا کردند. 
مختار پس از پیروزى، به تعقیب جنایتکاران واقعه کربلا پرداخت و بسیارى از آنان را دستگیر و به سزاى کردارشان رسانید و برخى از آنان را در میدان جنگ به قتل رساند و برخى دیگر را در هنگام شکست، اسیر و به وضع فجیعى به هلاکت رسانید. 
مختار با سه جبهه مهم از دشمنانش روبرو بود، اول "عبدالله بن زبیر " که برادرش مصعب بن زبیر را به جنگ مختار فرستاده بود. دوم، امویان شام که عبیدالله بن زیاد را براى سرکوبى مختار به سوى عراق گسیل کرده بود. سوم، ضد انقلاب داخلى و گردنکشان مخالف اهل بیت (ع) که در کوفه و اطراف آن ساکن بوده و با قیام مختار به شدت مخالفت میورزیدند.

* عاقبت افرادی که در حادثه کربلا دست داشتند
آنان که در قتل امام حسین (ع) دست داشتند مخفی شدند؛ مختار فرمان داد، قاتلان امام حسین (ع) را تعقیب کنید؛ در پی این فرمان عملیات تعقیب و دستگیری قاتلان کربلا شروع شد. 
ده نفر از قاتلان حادثه کربلا که بر بدن امام حسین (ع) اسب تاخته بودند، دستگیر و به