در سال ۱۳۷۷ در دومین سال دورهٔ اول ریاست جمهوریسید محمد خ

در سال ۱۳۷۷ در دومین سال دورهٔ اول ریاست جمهوریسید محمد خاتمی، کرباسچی که همراه حزب کارگزاران سازندگی از طرفداران کلیدی خاتمی در انتخابات دوم خرداد ۱۳۷۶ بود، به همراه عدهٔ دیگری از معاونانش و شهرداران مناطق تهران توسط حفاظت اطلاعات نیروی انتظامی به فرماندهی سردار نقدی دستگیر و بازجویی شد. سردار نقدی چندی بعد در دادگاه نظامی به اتهام شکنجه شهرداران به ۸ ماه حبس قطعی محکوم شد گرچه هیچگاه خبری از زندانی شدن وی در رسانه‌ها منتشر نشد.[۴]کرباسچی از سوی قاضی غلامحسین محسنی اژه‌ای به اتهام جرایم مالی محاکمه و به ۳ سال حبس و ۱۰ سال محرومیت از مشاغل دولتی و جزای نقدی محکوم شد. وی از جمله متهم به استفاده از امکانات شهرداری تهران در جهت حمایت از کاندیدای خاص در انتخابات هفتم ریاست جمهوری بود.[۵]

ده سال بعد از این دادگاه وزیر دادگستری ایران اظهار داشت پخش دادگاه از طریق رسانه‌ها به احساس عدالت و امنیت قضایی لطمه زد چرا که یک نفر به طور همزمان هم مدعی بود و هم قاضی و همین پرونده موجب احیای دادسراها شد.[۶]

وی پیش از محاکمه به اتهام اختلاس مدتی را در بازداشت گذراند.[۷] کرباسچی سرانجام پس از طی نزدیک دو سال حبس، با دخالت اکبر هاشمی رفسنجانی و دستور سید علی خامنه‌ای از زندان آزاد شد. وی از آن زمان به فعالیت‌های غیردولتی مشغول است.